Основные настройки административного модуля расположены в файле /usr/local/FlashphonerWebCallServer/conf/wcs-manager.properties.
Кроме того, часть настроек находится внутри файла wcs_manager-1.0.jar:
log4j.properties - настройки логгирования WCS Manager - см. подробнее в разделе Логирование.
Для редактирования этих настроек можно воспользоваться midnight commander под Linux. Просто 'зайдите' в wcs_manager-1.0.jar, отредактируйте в нем файл и сохраните изменения.
Чтобы изменения вступили в силу, потребуется перезагрузка сервера.